Depois que um desastre deixa o mundo em um estado de declínio, a população humana restante vive sua vida pacífica e silenciosamente no crepúsculo da era humana. Alpha Hatsuseno é um andróide que trabalha em um café na fronteira com Yokohama que raramente recebe visitantes e está esperando o retorno do proprietário. Um dia, outro andróide, o mensageiro Kokone Takatsu, traz para Alpha um pacote de seu mestre. Dentro, há uma câmera, entregue a Alpha para que ela possa tirar fotos para relembrar. Yokohama Kaidashi Kikou é um anime lento e contemplativo que segue uma garota andróide enquanto tira fotos lindas e experimenta momentos emocionantes, tudo em meio a uma sensação calmante de paz.