Depois que um inferno misterioso mata sua família, Shirou é salvo e adotado por Kiritsugu Emiya, que o ensina os caminhos da magia e da justiça. Uma noite, anos após a morte de Kiritsugu, Shirou está limpando a escola, quando se vê preso no meio de um encontro mortal entre dois super-humanos conhecidos como Servos. Durante sua tentativa de escapar, o garoto é pego por um dos Servos e sofre uma lesão fatal. Milagrosamente, ele sobrevive, mas o mesmo Servo retorna para terminar o que começou. Desesperado, Shirou convoca um Servo, um cavaleiro chamado Saber. Os dois agora devem participar da Quinta Guerra do Santo Graal, uma batalha real de sete Servos e os magos que os convocaram, com o grande prêmio não sendo outro senão o onipotente Santo Graal em si. Destino / pernoite segue Shirou enquanto ele luta para encontrar a linha tênue entre um herói e um assassino, seus ideais se chocando com a dura realidade ao seu redor. O garoto se tornará um herói como seu pai adotivo ou morrerá tentando?